Her madde tamamlandıktan sonra asistan hocanızdan onay alınız.
A) İlk Aşama
1. Grup tarafından size sağlanacak olan görüntüleme programları ile molekül oluşturmayı öğrenmeniz için aşağıdaki 10 yapıyı oluşturunuz. Bilgi ve destek için aşağıdaki videoyu izleyiniz.
- Yapılar: H2O, NH3, H2O2, CH4, HCl, C6H6, CH2O2, H2, CO2, C6H5OH
2. Çizilen yapıların kartezyen koordinatları, HPC sistemimizde çalıştırılmak üzere input dosyalarına dönüştürülür. Örnek inputlar için web sitemizin inputlar sekmesini inceleyiniz. Bu kısımda, elde edilen 10 tane geometri için b3lyp/6-31G(d) seviyesinde önce geometri optimizasyonu, ardından OPTİMİZE GEOMETRİ (çoğu programda outputun en sonunda basılır) ile frekans hesabı yapılmalıdır. Frekans hesaplaması sonucunda elde edilen titreşim frekanslarının hepsi pozitif değerde olmalıdır (aradığınız yapı denge geometrisi ise). Eğer sanal frekans (negatif bir frekans) gözlenirse yapı bir minimum demek değildir (Bir geçiş haline karşılık geliyor olabilir). Böyle bir durumda geometri optimizasyonu aşamasına geri dönülür ve optimizasyon kriterleri tekrar gözden geçirilir. (optimizasyon kriterleri için program manualini inceledikten sonra asistan hocanızdan yardım alabilirsiniz).
- Programların manualleri.
Gaussian
Optimizasyon, frekans ve enerji input örneklerine inputlar sekmesinden ve program manuallerinden ulaşabilirsiniz. Bu kısımda videoların birkaç kez izlenerek anlaşılması çok önemlidir.
-Geometri optimizasyonu videosu
-Psi4-opt-freq-energy videosu
3. İnputları oluşturduktan sonra (inputlar her programa özel olarak oluşturulmaktadır), ilgili programda çalıştırmak üzere HPC sistemine yüklemeniz gerekmektedir. Linux işletim sistemine sahip olan HPC sistemine bağlanmak ve temel düzeyde kullanabilmek için sistem videosu izlenmelidir. Sistem videosu birkaç kez izlendikten sonra, aşağıdaki temel linux komutları notlarına çalışılmalıdır.
- Sistem videosu
- Temel linux komutları classroom da mevcut olan unixBasics.pdf notundan çalışılmalıdır.
Temel linux komutları videosu için tıklayınız.
4. Elinizdeki 10 tane inputu sistemde gerekli komutlar yardımıyla çalıştırıp aldığınız outputlardaki enerji değerlerini (genelde dosyanın sonunda basılır) excel tablosuna geçiriniz.
- Basit bir excel tablo formatı
5. Yapıların outputlarını ve excel tablonuzu sizinle ilgilenen asistan hocanızın onayını aldıktan sonra ikinci aşamaya geçebilirsiniz.
B) İkinci Aşama
1. Aşağıdaki tabloda bulunan tepkimeler için reaksiyon enerjilerini b3lyp/6-31G(d) seviyesinde hesaplayıp (psi4 programında) makaledeki rakamlar ile karşılaştırınız (karşılaştırma excelde yapılacaktır). Excel sonuçlarınızı asistan hocanıza onaylatınız.
- Tablo
- Psi4 opt-freq-energy videosu.
Not: Bu aşamada zorlanan öğrencilerimizin aşağıdaki videoları tekrar izlemesi gerekmektedir.
- Geometri optimizasyonu videosu
- Psi4 opt-freq-energy videosu.
2. Aşağıdaki A24 seti için non-kovalent etkileşim enerjisini hesaplayınız. NCIE (Non-covalent Interaction Energy, NCIE) hesabı için inputlar sekmesindeki örnekleri alınız. Hesapladığınız etkileşim enerjilerini asistan hocanıza onaylattıktan sonra bu aşamayı tamamlamış olacaksınız.
C) Üçüncü Aşama
1. En başta çalıştığınız 10 yapının optimize geometrilerini kullanarak Qchem programı ile mp2/aDZ seviyesinde enerji hesaplaması yapınız ve excel dosyanızı asistan hocanıza onaylatınız.
2. Son olarak, ab-inito yöntemler, uygulamalarda kullanılan baz setleri gibi sık kullanılan terimler ve kavramlar açısından bilgi sahibi olmak için classroom da bulunan aşağıdaki başlangıç notlarına çalışmanız gerekmektedir.
Bozkaya-hkk-workshop-2015.pdf
Comp-Chem-Performance.pdf
Basis-sets.pdf
unixBasics.pdf
GeomOpt.pdf
Grup üyeleri kısmı için profilinizi asliunal08@gmail.com adresine gönderebilirsiniz.